Treći stupanj programa „Mladi za mlade“ jest Specijalizacija animatora instruktora koja animatorima sa završenom Općom specijalizacijom omogućuje osposobljavanje za vođenje Temeljne formacije i Opće specijalizacije animatora.
Animatore na ovaj dio programa poziva povjerenik za mlade na temelju njihovih iskazanih vještina i sposobnosti te predanog rada s djecom i mladima na župnoj i (nad)biskupijskoj razini.
Kako bi se započelo sa Specijalizacijom animatora instruktora, potrebno je imati dvije godine iskustva u animatorskom služenju (dvije godine od završetka Opće specijalizacije animatora), osim u izvanrednim situacijama kada povjerenik za mlade, zajedno s voditeljima TFA, poziva mlade s kraćim animatorskim „stažem“.
Program specijalizacije animatora instruktora traje tri vikend susreta tijekom kojih sudionici prolaze program Temeljne formacije animatora i Opće specijalizacije animatora te različite interaktivne radionice koje će im pomoći a u daljnjem pastoralnom djelovanju.
Specijalizaciju instruktora organizira isključivo Ured HBK-a za mlade u dogovoru s (nad)biskupijskim povjerenicima za mlade, a specijalizirani animator instruktor može provoditi program „Mladi za mlade“ zajedno s animatorima instruktorima Ureda HBK-a za mlade po cijeloj Hrvatskoj i BiH.